Antes, esta região era apenas habitada por Índios tupiniquins, denominavam o local de “buriquioca”. Buriqui ( espécie de macaco grande ) e Oca ( morada ou casa em Tupi ). Daí com a evolução do nome, veio Bertioga.
Consta que em meados de 1531, Martim Afonso de Sousa, Governador Geral do Brasil, aportou em nossas terras. Todavia, diante das dificuldades naturais impostas, seguiu viagem, fundando logo mais em 22 de janeiro de 1532, a Vila de São Vicente, sendo esta, a primeira vila do Brasil.
Nossa região ficou sendo chamada de Sesmaria de Bertioga e fora doado em 12 de janeiro de 1585 a Jorge Pires, iniciando assim, um pequeno povoado de pescadores.
Passado dois anos foi construída “as policadas” de um “fontim”, sendo que hoje em dia, é o Cartão Postal de nossa bela Cidade, o FORTE DE SÃO JOÃO. Verifica-se também, que no mesmo período um Artilheiro Alemão Hans Staden, veio para esta região, e através de suas obras de arte, deixou gravado temas sobre a geografia local, evidenciando a botânica, fauna e os Índios Tupiniquins, auxiliando e muito no desenvolvimento histórico do país no Século XXI.
Outro dado importante em nossa cidade é a tendência a fornecedora de luz. Ao que tudo indica, no período entre o final do Século XVI e início do Século XVII, a iluminação pública no Brasil, era usada pelo método de extração do azeite de peixe. Levando em consideração este fato, foi construído em Bertioga a Armação da Baleia, que em pouco tempo, tornou uma fonte de abastecimento em vários lugares, tais como: Santos, São Vicente, São Paulo e até mesmo o Rio de Janeiro.
Com o surgimento da energia elétrica, mais uma vez, nossa cidade, beneficiada por sua natureza esplêndida, através de acidentes geográficos, advindo da Serra do Mar, desce o Rio Itapanhaú, desaguando em nossa Praia. Destas quedas e volumes de água, foi construída a Hidra-elétrica de Itatinga, que abastecia toda nossa região e também São Paulo. Hoje ainda é responsável pela iluminação de nossa Cidade e também cerca de 60% do Porto de Santos (O maior Porto da América Latina). Trazendo, além da iluminação, recursos providos pela arrecadação de Imposto junto a Prefeitura Municipal de Bertioga.
Nos anos 40, não existia nenhum acesso via terrestre. Usava-se embarcações, que vinham através do canal, partindo de Santos. Porém, pelo Industrial José Ermírio de Moraes, com seu pioneirismo e também por ser morador do Sítio Indaiá, incentivou e com seu prestígio, fora aberto o primeiro trecho rodoviário que ligaria a Praia do Perequê, em Guarujá, até o canal de Bertioga, formando assim, o segundo acesso Santos/Bertioga.
Com a construção da estrada, acrescido pelo arrojo, entusiasmo e visão futurista dos Senhores: José Ermírio de Moraes, Alberto Caldas, Octacílio Oliveira, José Quoriu Barbosa, entre outros e fundaram a Cia. Urbanística de Bertioga, impulsionando definitivamente, o que veio a ser uma nova exploração, que agora é o carro chefe da cidade, o turismo.
Finalmente, aos 19 de maio de 1991, deu-se a Emancipação do Distrito de Bertioga, tornando-se a Cidade e Município de Bertioga, faltando apenas, tornar-se Comarca.